бычок является Python API для чтения двоичных данных файлов, созданных с использованием Гобийская следующего поколения по управлению данными framework.Normally, этот каталог поставляется как часть полного пакета Гоби, которую можно получить: http://goby.c
бычок является Python API для чтения двоичных данных файлов, созданных с использованием Гобийская следующего поколения по управлению данными framework.Normally, этот каталог поставляется как часть полного пакета Гоби, которую можно получить: http://goby.campagnelab.org/The полный пакет включает в себя код Java источник. Если вы скачали этот пакет из PyPI или некоторых других Python конкретного источника, вы, возможно, получили только часть из Python code.Development WarningThe Гобийская библиотеки Python не так развиты, как реализация Java. Это может быть более багги и не предназначен для обеспечения полного набора функций, которые находятся в version.Installation Java: 1. Убедитесь, что Python 2.5 или более поздней версии. Если вы сомневаетесь, запустите: Python-V 2. Скачать и установить необходимые пакеты Python: 1. Протокол буферы из http://code.google.com/p/protobuf/ или PyPI 2. pyjavaproperties - Python для замены java.util.Properties, имеющийся в наличии http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties 3. Установите пакет Гоби: Python setup.py установить Этот шаг может потребовать суперпользователя privileges.Usage: Пример сценариев приводятся чтобы продемонстрировать, как получить доступ к содержимому файлов Гоби в Python. * Вот как для сканирования файлов Гобийская выравнивания: GobyAlignmentStats.py базовое (файлы basename.entries и basename.header должны выйти.) * Следующей команды будет печатать содержание выравнивание файл в текстовом виде: GobyAlignmentToText.py базовое * Следующая команда будет конвертировать компактных читает файл в формате FASTA: GobyCompactToFasta.py file.compact-читает * Следующая команда выведет статистику о содержании компактной читает файл: GobyReadsStats.py file.compact считывает
Скачать